Hier ist das Verschlüsseln und Signieren von Dateien und eMails mit dem Tool GnuPG sehr umfangreich beschrieben.

Transparente Verschluesselung von Block-Geraeten mittels der cryptoapi von Linux 2.6.

Kerberos ist ein Netzwerk-Authentifizierungprotokol
mit starker Kryptographie

Hydan versteckt geheime Nachrichten in Binaries, ohne deren Dateigröße zu verändern.

OpenSource-Implementierung des Secure Socket Layers.

Übertragung verschlüsselter Seiten mit Apache (SSL, https)

GNU-Implementation der SSH Protokolle.

"Das Sphinx-Projekt, initiiert von deutschen Behörden, hat die Verbesserung des sicheren Austauschs von E-Mails zum Ziel. [...]
Proprietäre Produkte sind bereits in der Entwicklung. Mit dem Projekt Ägypten wird nun auch eine Lösung als Freie Software umgesetzt. Wesentliche Ziele sind die populären E-Mail Programme KMail und mutt."

Software um seinen eigenen Key-Server aufzubauen [Red.: scheint nicht mehr aktiv entwickelt zu werden.]

Software zur transparenten Datenverschlüsselung